目前有多少人感染了诺如病毒？ 2021 年 6 月如何选择一个历史性的月份？我们怎样才能得到估计？
CDC 表示每年有 19-2100 万例病例，但诺如病毒具有很强的季节性；你在冬天比夏天更有可能得到它。可能性大多少？
CDC 通过国家疫情报告系统(NORS) 跟踪诺如病毒和其他爆发，您可以下载到 2021 年的完整数据。自 2012 年以来，我看到 36,341 次爆发，其中 20,876 次 (57%) 被归类为诺如病毒。按月对它们进行分类，并在中间绘制冬季，我们可以看到 1 月的爆发次数是 8 月的 10 倍：
感染可能与爆发成正比，因此我们可以通过对爆发次数进行加权来估算每个月的情况。但我们应该小心：CDC 的总体估计是 covid 之前的，到 2021 年，我们已经包括了诺瓦克病毒像大多数传染病一样受到严重抑制的时期：
假设我们想知道 2021 年 6 月期间的流行率。不是说在那个月的某个时间点有多少人感染了它（那将是发病率），而是在任何一天目前有多少人被感染。我们首先将 2000 万的年感染人数除以相应的人口 2.99 亿人 [1]，将其转换为人均感染人数，得到每 10 万人 670 人的年发病率（2000 万 / 39900 万）。诺如病毒病持续大约两天，因此这相当于平均患病率为每 10 万人 37 人（6.7k * 2 / 365）。在 covid 之前，平均每月爆发 174 次，[2] 而在 2021 年 6 月，报告了 76 次爆发，因此我们可以估计 2021 年 6 月每 10 万人 16 次（每 10 万人 37 次 * 76 / 174）。
为什么我要关心有多少人感染了诺如病毒？我想知道一种疾病的患病率（目前有多少人患有这种疾病）如何转化为废水测序中的相对丰度 [3]（测序读数与病原体相匹配的比例），以便能够回答诸如“它需要多少成本才能实现”之类的问题当目前有 Y% 的人被感染时，标记出一种像病原体 X 一样排入污水的病原体”。如果我们对感染人数有一个合理的估计，我们可以将其与我们在测序数据中看到的相对丰度联系起来，并对这种联系进行建模。对诺如病毒进行估计是此过程中的一个步骤，并且由于它是一种胃肠道感染，因此它代表了废水监测的“最佳案例”。
关于这个估计还有一些问题：
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爆发作为感染指标的准确性如何？
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在 NORS 中爆发如何结束时，是否存在随时间变化的偏差？
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我们应该在多大程度上相信每年有多少人感染诺如病毒的输入估计？
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感染在当地或短时间内的变化有多大？他们做得越多，给定月份的全国爆发计数预测对特定市政废水样本做出贡献的人群中的患病率就越低。
不过，总的来说，即使了解流行程度的数量级也是有帮助的，我很高兴能得到一个估计！
这篇文章描述了NAO正在进行的工作，并涵盖了团队的工作。这个具体的估计主要是我在Simon Grimm的帮助下完成的。
[1] CDC 的年度疾病数量来自2011 年的这篇论文（感谢 Simon！），其中表示它与 2.99 亿人口相关。
[2] 由于月份的长度不尽相同，这不太正确，但非常接近。在对工作进行更详细的估算时，我会根据每个月的天数进行调整。
[3] 具体而言，非靶向宏基因组测序。在不放大特定已知事物的情况下对现有事物进行排序。
原文： https://www.jefftk.com/p/estimating-norovirus-prevalence